Předmět ochrany
Území s výskytem přirozených lesních ekosystémů rašelinných lesů, mokřadních olšin, lužních lesů a acidofilních doubrav; travinných ekosystémů slanisek; mokřadních a vodních ekosystémů slatinných a přechodových rašelinišť, rákosin a vegetace vysokých ostřic, makrofytní vegetace přirozeně eutrofních a mezotrofních stojatých vod, makrofytní vegetace oligotrofních jezírek a tůní a vegetace parožnatek; biotopu vzácného a ohroženého druhu živočicha hnědáska chrastavcového, včetně jeho populace; a útvarů neživé přírody - mofet, pramenů minerálních vod a vrstev křemeliny.
Geologie
Soos je geologicky ojedinělým územím ležícím v Hájecké pánvi - drobné dílčí pánvi Chebské pánve, která se zde vytvořila mezi tektonickými zlomy. V období terciéru došlo k vyzdvižení bloku žul a svorů s pláštěm slínů, písků a jílů a jeho následným poklesem vznikla samostatná, téměř bezodtoká pánev s hromadící se vodou. Území národní přírodní rezervace tvoří dvě dílčí prohlubně - jižní je vyplněna křemelinou a rašelinou, severní jen rašelinou. Protože jižní část byla téměř bezodtoká, vytvořily se zde vhodné podmínky pro vznik křemeliny, neboli diatomitu (akumulace křemitých schránek řas rozsivek, Diatomacea) o mocnosti více než 6 m.
Minerální prameny a mofety
Hájecká pánev je samostatným hydrogeologickým celkem, zásobovaným jen atmosférickými srážkami a vývěry podzemních vod, které jsou společně s výdechy suchého oxidu uhličitého charakteristické pro celou oblast. Na území NPR Soos se jich dohromady nachází více než 200. Výdechy oxidu uhličitého do povrchové vody a bahna vytvářejí typické mofety nebo probublávají do četných jezírek a tůní. Chemismus minerálních vod závisí především na hloubce oběhu vody - rozlišujeme minerální prameny hlubokého, středního a mělkého pásma tvoření. Prameny z největších hloubek, z prostředí rul a svorů jsou obohaceny o Na-SO4, prameny středního pásma z prostředí slínů a pískovců o Na-HCO3 a prameny tvořící se v nejmenší hloubce v prostředí jílů a jílovců obsahují Ca-Mg-HCO3.
Flóra
Soos představuje ojedinělá a rozsáhlá mokřadní, slanomilná a reliktní přírodní a přirozená společenstva s pestrou mozaikou slatinišť a rašelinišť, slanisek, ostřicových porostů, rákosin, olšin a rašelinných lesů vázaných na specifické půdní poměry ovlivňované vysokou hladinou značně mineralizované spodní vody. Mineralizace půdy dává předpoklad vzniku rozsáhlých slanisek se specifickou vegetací. Mezi unikátní rostliny slanisek patří kuřinka přímořská (Spergularia maritima), ostřice oddálená (Carex distans), sítina Gerardova (Juncus gerardii), sivěnka přímořská (Glaux maritima) nebo hadí mord maloúborný (Scorzonera parviflora). Na území NPR nacházejí vhodné stanoviště masožravé rostliny - v rašelinných tůních rostoucí kriticky ohrožená bublinatka bledožlutá (Utricularia ochroleuca) a bublinatka menší (Utricularia minor) a běžnější rosnatka okrouhlolistá (Drosera rotundifolia) vázaná na otevřená rašeliniště. Rozsáhlé mokřady a rašelinné biotopy hostí celou řadu dalších druhů jako je bařička bahenní (Triglochin palustre), hrotnosemenka bílá (Rhynchospora alba), kapradiník bažinný (Thelypteris palustris), nenápadná orchidej korálice trojklanná (Corallorhiza trifida), prha arnika (Arnica montana), rdest alpský (Potamogeton alpinus), tolije bahenní (Parnassia palustris), vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata), vemeník dvoulistý (Platanthera bifolia), vrba plazivá (Salix repens), vrbina kytkokvětá (Lysimachia thyrsiflora) a další.
Fauna
Bohatá mokřadní společenstva vytvářejí vhodné podmínky pro hnízdění pestré ornitofauny a jsou významnou migrační zastávkou například jeřábů popelavých. Mokřadní louky na východním okraji rezervace jsou domovem hnědáska chrastavcového (Euphydryas aurinia) - jednoho z nejohroženějších evropských motýlů.
