Předmět ochrany
a) Přirozené lesní ekosystémy mokřadních olšin, bučin, suchých borů, smrčin a rašelinných lesů, b) skalní a travinné ekosystémy skal a drolin a trávníky písčin a mělkých půd, c) vodní a mokřadní ekosystémy makrofytní vegetace přirozeně eutrofních a mezotrofních stojatých vod, makrofytní vegetace mělkých stojatých vod, makrofytní vegetace oligotrofních jezírek a tůní, vegetace parožnatek, rákosin a vegetace vysokých ostřic a slatinných a přechodových rašelinišť, d) biotopy vzácných a ohrožených druhů rostlin hlízovce Loeselova (Liparis loeselii), měkkyně bažinné (Hammarbya paludosa), vláskatce tajemného (Trichomanes speciosum) a srpnatky fermežové (Hamatocaulis vernicosus), včetně jejich populací, e) biotopy vzácných a ohrožených druhů živočichů páchníka hnědého (Osmoderma eremita), tesaříka alpského (Rosalia alpina) a vážky jasnoskvrnné (Leucorrhinia pectoralis), včetně jejich populací, f) pískovcové skalní výchozy v podobě skalních stěn a stupňů, částečně izolované skalní bloky až věž
Geologie
Tato rezervace je jedním z nejvýznamnějších chráněných území na Českolipsku. Spojuje v sobě pestrou škálu biotopů typických pro Dokeskou pahorkatinu, od vodní plochy, rákosin a přilehlých mokřadů Břehyňského rybníka po pískovcové skalní město Pecopala porostlé kyselými i květnatými bučinami a bory. Biologicky pestré území je bohaté na vzácné a chráněné druhy rostlin a živočichů a jedná se i o významné hnízdiště ptáků.
Geologický podklad tvoří svrchnokřídové kvádrové pískovce středního turonu, ve třetihorách na několika místech proražené neovulkanity. Z tohoto období pochází znělcová žíla Mlýnského vrchu a čedičová hornina vrchu Pec. Čtvrtohorní sedimenty jsou písčité a hlinitopísčité, v okolí Břehyňského rybníka mají velký rozsah organické sedimenty – rašeliny. Geomorfologicky se výrazně odlišuje severní skalnatá část (Pecopala) tvořená vyzdviženou pískovcovou plošinou, rozbrázděnou hustou sítí kaňonovitých údolí, od jižní nížinné části s Břehyňským rybníkem. Půdy jsou většinou chudé a kyselé. Vyskytuje se zde podzol arenický, kambizem arenická, varieta silně kyselá, na místech s vysokou hladinou podzemní vody se vyvinuly gleje (glej typický a organozemní) a organozemě (organozem typická a glejová). Rozloha minerálně bohatých půd na čediči (kambizem eutrofní) je nepatrná.
Flóra
NPR se skládá ze dvou velmi rozdílných částí, hranici mezi nimi tvoří silnice Břehyně – Hradčany. Jižní část tvoří rybník Břehyně s přilehlými rákosinami, rašeliniště, mokřadní louky, podmáčené smrčiny, rašelinné bory, bažinné olšiny a březiny. Severozápadně od rybníka vystupuje Mlýnský vrch (389 m n. m.), jehož vegetace se výrazně odlišuje od porostů kolem rybníka. Dominantní dřevinou ve vrcholové části kopce je buk lesní a směrem k úpatí pak převládá borovice lesní. Severní část zvaná Pecopala (podle vrchu Pec – 451 m n. m.) je tvořena převážně lesními porosty, a to hlavně květnatých i kyselých bučin, ale i březin a monokultur smrku ztepilého či modřínu opadavého.
Z pestré flóry území jsou nejrozsáhlejší společenstva vodních rostlin, pobřežních rákosin, vysokých ostřic a rašelinišť. V chráněném území bylo v posledních letech zjištěno přibližně 60 ohrožených druhů rostlin, např. kapraď hřebenitá (Dryopteris cristata), hlízovec Loeselův (Liparis loeselii), prstnatec pleťový pozdní (Dactylorhiza incarnata subsp. serotina), leknín bělostný (Nymphaea candida), hrotnosemenka bílá (Rhynchospora alba), rojovník bahenní (Ledum palustre) a vrba plazivá (Salix repens). Zvláště významný je opětovný nález kriticky ohrožené měkkyně bažinné (Hammarbya paludosa) z roku 1994, neboť měkkyně byla v rámci České republiky již považována za vyhynulou.
Fauna
Kvalitu zdejšího přírodního prostředí potvrzuje i fakt, že zde bylo v roce 2014 doloženo rozmnožování vlků, a to v Čechách poprvé po 100 letech. Správa CHKO Kokořínsko – Máchův kraj zde má instalované fotopasti, které dokládají přítomnost 1 páru vlka obecného, který v roce 2014 vyvedl patrně tři mláďata, v roce 2015 se smečka rozrostla minimálně o další dvě vlčata.
Do konce 20. století zde byl zaznamenán výskyt 164 ptačích druhů. Lokalita je hnízdištěm bukače velkého (Botaurus stellaris), jeřába popelavého (Grus grus) a orla mořského (Haliaeetus albicilla). Zaznamenán byl výskyt vydry říční (Lutra lutra). Z plazů se tu vyskytuje zmije obecná (Vipera berus) a ještěrka živorodá (Zootoca vivipara). Žije zde skokan štíhlý (Rana dalmatina) i mlok skvrnitý (Salamandra salamandra). V průběhu malakozoologického výzkumu bylo v rezervaci zjištěno 49 druhů, převážně vodních, měkkýšů, 41 druhů plžů a 8 druhů mlžů. Při jižním okraji Pecopaly byly nalezeny kriticky ohrožené druhy korýšů: listonoh letní (Triops cancriformis) a žábronožka letní (Branchipus schaefferi). Rozsáhlá rašeliniště obývá nejmenší vážka Evropy, šídélko lesklé (Nehalennia speciosa).
Břehyňský rybník byl v roce 1991 zapsán do seznamu mezinárodně významných mokřadů Ramsarské úmluvy a v roce 1994 byla lokalita v rámci programu UNESCO zahrnuta i do celosvětové sítě biosferických rezervací. Celá rezervace je součástí Ptačí oblasti Českolipsko – Dokeské pískovce a mokřady a evropsky významné lokality Jestřebsko - Dokesko.
