Geologie
Geologický podklad je tvořen flyšovými komplexy slezské jednotky flyšového pásma Vnějších Západních Karpat. Území je součástí tzv. dílčího godulského příkrovu, jehož horninovým jádrem jsou zejména mocné komplexy godulského souvrství budované poměrně pestrými typy flyšových sekvencí. Stratigraficky nejníže položeným souvrstvím jsou hradišťské vrstvy (apt-valangin), následují pestré vrstvy godulské (turon-cenoman), spodní oddíl godulského souvrství (turon-cenoman) a nejvýše položený střední oddíl godulského souvrství (turon). Všechna výše jmenovaná souvrství budují pouze část Kršle I., v části Kršle II. chybí hradišťské vrstvy a střední oddíl godulského souvrství. Některá ze jmenovaných souvrství vystupují v zájmovém území v podobě velmi reprezentativních odkryvů. V nárazovém svahu Morávky (Kršle II.) lze pozorovat názorná defilé drobně rytmického flyše spodního oddílu godulského souvrství. Flyšová souvrství jsou na území PR intenzivně dislokovaná drobnou puklinovou i zlomovou tektonikou.
Flóra
Lesní porosty přírodní rezervace Kršle představují mozaikou kyselých bučin, květnatých bučin a suťových lesů, převažují kyselé bučiny s velmi chudým bylinným patrem a množstvím suti (zejména v části Kršle I.). Květnaté bučiny se v plošně zanedbatelných fragmentech vyskytují pouze v blízkostipotočních strží. Zde a na suťových svazích nad Morávkou se maloplošně vyskytují i suťové lesy. Ve stromovém patře je dominantní buk lesní ( Fagus sylvatica) s téměř 65 % zastoupením, následuje smrk ztepilý (Picea abies). V přírodě blízkých starých bučinách se pouze vtroušeně nebo i v příměsi vyskytuje jedle bělokorá (Abies alba) a ojediněle i geograficky nepůvodní modřín opadavý (Larix decidua). Na prudkých suťových svazích nad Morávkou vzácně roste lípa (Tiliasp.), jasan ztepilý (Fraxinus excelsior) či javor klen (Acer pseudoplatanus), jednotlivě též dub zimní (Quercus petraea), borovice lesní (Pinus sylvestris), habr obecný (Carpinus betulus) a bříza (Betulasp.). Na území PR Kršle můžeme nalézt druhy typické jak pro květnaté bučiny, jako jsou např. pšeníčko rozkladité (Millium effusum), ostřice lesní (Carex sylvatica), svízel vonný (Galium odoratum), kyčelnice cibulkonosná (Dentaria bulbifera), černohlávek obecný (Prunella vulgaris), starček Fuchsův (Senecio ovatus), violka lesní (Viola reichenbachiana) a mléčka zední (Mycelis muralis), druhy typické pro kamenitá stanoviště až sutě, jako jsou např. kapraď rezavá (Dryopteris borreri), kapraď osténkatá (Dryopteris carthusiana), bažanka vytrvalá (Mercurialis perennis), tak i druhy kyselých bučin, např. metličku křivolakou (Avenella flexuosa), třtinu rákosovitou (Calamagrostis arundinacea), biku bělavou (Luzula luzuloides), šťavel kyselý (Oxalis acetosella) a žebrovici různolistou (Blechnum spicant). Vzhledem ke skutečnosti, že území rezervace je níže položené, můžeme zde nalézt i teplomilnější druhy typické pro dubohabřiny, např. pitulník žlutý (Galeobdolon luteum), jestřábník zední (Hieracium murorum) a lipnici hajní (Poa nemoralis), z dřevin dub letní (Quercus robur) a třešeň ptačí (Prunus avium). Za karpatské prvky lze považovat pryšec mandloňovitý (Euphorbia amygdaloides) a čistec alpínský (Stachys alpina).
Fauna
S ohledem na přítomnost přírodě blízkých bučin s rostoucím podílem odumřelého dřeva v nejnižších polohách Moravskoslezských Beskyd, má území z hlediska biodiverzity v CHKO Beskydy vysoký potenciál. Lokalita se jeví perspektivní zejména pro druhy vázané na pralesovité bučiny s vysokým podílem odumřelého dřeva v různém stupni rozkladu. Pro výskyt mnoha ohrožených druhů bezobratlých živočichů může být velmi pozitivní nejen příznivá dřevinná skladba a věková struktura porostů, ale též mezoklima území na prudkých, převážně k jihu orientovaných svazích. O významnosti území z ornitologického hlediska svědčí výskyt strakapouda bělohřbetého (Dendrocopos leucotos), lejska malého ( Ficedula parva) a lejska bělokrkého (Ficedula albicollis). Staré bučiny v obou částech zvláště chráněného území jsou v rámci Ptačí oblasti Beskydy ornitology řazeny k nejcennějším porostům 1. kategorie.
