Přirozeně meandrující tok řeky Stropnice a na něj navazující mokřady tvořené společenstvy vegetace oligotrofních tůní s bublinatkami, minerálně bohatá slatiniště s rašeliníky a suchopýrkem alpským, vegetace charakteru přechodových rašelinišť, mírně kyselá rašeliniště a rašelinné louky, bažinné vrbiny a bažinné olšiny; trvalé travní porosty tvořené společenstvy střídavě vlhkých bezkolencových luk, vysokostébelných nivních porostů, krátkostébelných smilkových luk a mezofilních ovsíkových luk; populace vzácných a ohrožených druhů rostlin srpnatka fermežová a hrotnosemenka bílá, včetně jejich biotopů, a populace vzácných a ohrožených druhů živočichů velevrub malířský, modrásek očkovaný, vřetenuška mokřadní, slavík modráček středoevropský a vydra říční, včetně jejich biotopů
| Rozloha | 143,39 ha |
| Nadmořská výška | 448 - 456 m |
| Území je zvláště chráněno od | 30. 12. 1991 |
| Orgán ochrany přírody | AOPK ČR - RP Jižní Čechy |
| Výpis z rezervační knihy | výpis z rezervační knihy |
NPR Brouskův mlýn zaujímá širokou nivu říčky Stropnice s živě meandrujícím tokem v délce 3 km. Nadmořská výška území je 446–455 m. Území je součástí tzv. stropnického příkopu v jihozápadní části Třeboňské pánve. Skalní podloží tvoří převážně silimanit-biotitická pararula (moldanubikum). Stropnický příkop je vyplněn 70–250 m mocnými svrchnokřídovými pískovci, slepenci a jílovci svrchního oddílu klikovského souvrství, které jsou v jihovýchodní části území převrstveny terciérními písky, jíly, rozpadavými pískovci a slepenci mydlovarského souvrství. Dnešní niva je vyplněna kvartérními fluviálními písky a štěrky (střední pleistocén, riss), místy deluviálně soliflukčními sedimenty (pleistocén–holocén) a fluviálními písčitými hlínami a hlinitými písky (holocén). V kvartérních sedimentech je zahloubeno přirozeně a živě meandrující koryto Stropnice. Ve vrstvách křídových a terciérních sedimentů se nacházejí velké zásoby podzemní artézské vody, která z mělčích zvodní v okrajových částech poříční nivy místy vystupuje na povrch v podobě pramenných vývěrů. Základním půdním typem je glej s lokálními přechody ke gleji organozemnímu a organozemi (rašelinný anmoor, fen), v okrajových částech nivy i k pseudogleji.
Vegetační kryt rezervace tvoří složitá mozaika 10-12 typů vodních, mokřadních, rašeliništních a lučních společenstev. Dnes zde převažují porosty zblochanu vodního (as. Glycerietum maximae), místy s vysokými ostřicemi (Caricetum gracilis). Směrem k okrajům nivy přecházejí tyto porosty do rašelinných společenstev svazu Caricion fuscae a bezkolencových luk svazu Molinion. Na okrajích říční nivy zasahují do národní přírodní rezervace také malé plochy kulturních lesů s borovicí lesní (Pinus sylvestris). V rezervaci se vyskytuje celá řada zajímavých druhů, např: čertkus lesní (Succisa pratensis), starček potoční (Tephroseris crispa), kosatec sibiřský (Iris sibirica), pampeliška Nordstedtova (Taraxacum nordstedtii), tolije bahenní (Parnassia palustris), suchopýr širokolistý (Eriophorum latifolium), suchopýrek alpský (Trichophorum alpinum), bublinatka menší (Utricularia minor), rosnatka okrouhlolistá (Drosera rotundifolia), klikva bahenní (Oxycoccus palusris), vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata), kozlík dvoudomý (Valeriana dioica), len počistivý (Linum catharticum) či sítina ostrokvětá (Juncus acutiflorus). V sukcesně mladších plochách na okrajích a v mělkých partiích rašelinných tůní a příkopů se místy vyskytuje hrotnosemenka bílá (Rhynchospora alba). Přežívá zde menší populace evropsky významné srpnatky fermežové (Hamatocaulis vernicosus).
Vyskytuje se zde celá řada hygrofilních druhů brouků, dvoukřídlých, pavouků a vážek - nejhojnějšími a typickými druhy jsou motýlice lesklá (Calopteryx splendens) a motýlice obecná (Calopteryx virgo), které se vyskytují kolem celého toku Stropnice. Mezi nejvýznamnější druhy patří klínatka rohatá (Ophiogomphus cecilia). Z motýlů zde žije např. vzácná vřetenuška mokřadní (Zygaena trifolii), hnědásek rozrazilový (Melitaea diamina), modrásek očkovaný (Maculinea telejus), hojně perleťovec dvanáctitečný (Boloria selene). V tůních a nivě žije rosnička zelená (Hyla arborea), kuňka obecná (Bombina bombina), skokan zelený (Rana kl. esculenta), hojně užovka obojková (Natrix natrix), vzácněji zmije obecná (Vipera berus). K nejpočetnějším ptákům patří strnad rákosní (Emberiza schoeniclus) a cvrčilka zelená (Locustella naevia). Hnízdí zde také slavík modráček (Lucscinia svecica), bekasina otavní (Gallinago gallinago), chřástal vodní (Rallus aquaticus) a mnoho dalších druhů. V korytě Stropnice žijí populace vodních měkkýšů škeble ploché (Pseudanodonta complanata) a vzácně i velevruba malířského (Unio pictorum), vyskytuje se zde i vydra říční (Lutra lutra).
V území se pravidelně ručně kosí 8-10 ha nejcennějších rašelinných luk. Jiné sušší louky jsou registrovány v půdních blocích a strojově sečeny. Nepravidelně se zde vyřezávají nálety dřevin a obnovují drobné tůně.
NPR Brouskův mlýn není přístupná pro návštěvníky. Většina luk je trvale podmáčená. Území lze nejlépe pozorovat ze silničního mostu.